Díky dvěma olympijským zlatům a stejnému počtu titulů mistra světa i Evropy jedna z nejvýraznějších osobností tuzemského sportu po rozdělení Československa. Jeho zásluhou rychlostní kanoistika po letech vystoupila ze stínu úspěšnějšího vodního slalomu.

Nejslavnější chvíle kanoisty, jehož čelo zdobil šátek s lebkami, přišly na hrách v Atlantě, kde Martin Doktor vyhrál během jediného víkendu oba individuální závody a stal se národní celebritou. Nejprve se mu na kilometru skvěle vydařil start a v závěru odolal i náporu svého vzoru Lotyše Klementěva, na poloviční trati zase předvedl výborný finiš a získal druhé zlato. Také o čtyři roky později v Sydney, kde byl vlajkonošem české výpravy, postoupil na obou tratích do finále, ale na své soupeře tentokrát nestačil. Zklamání ze dvou osmých míst si částečně vynahradil na následujících hrách v Aténách, kde skončil čtvrtý na tisícovce a pátý na pětistovce.

Rodák z Poličky seděl prvně v lodi už jako čtyřletý, s tréninkem začal v sedmi letech. Původně jezdil na kajaku, do kanoe přesedl až později. Hlavní podíl na Doktorově strmé cestě do světové špičky měl jeho otec Josef, který jej vedl od malička. Tvrdá příprava přinesla ovoce již na mistrovství světa 1995 v Duisburgu, kde český talent vybojoval dvě stříbra.

Na MS 1997 v Dartmouthu vyhrál pětistovku, o rok později se v Szegedu stal mistrem světa na dvoustovce. Vedle dvou zlatých si ze světových šampionátů odvezl i devět stříbrných a tři bronzy, na mistrovství Evropy přidal dalších 12 kovů včetně dvou nejcennějších. Z velké medaile se vítěz ankety o nejlepšího domácího sportovce roku 1996 naposledy radoval na ME 2006 v Račicích, poté přešel na deblkanoi.

Když mu těsně unikl postup na OH 2008 v Pekingu, rozhodl se "Boban" ukončit kariéru a přijal nabídku vést reprezentační tým. Z této pozice se na OH 2012 v Londýně podílel na bronzu čtyřkajaku. Na podzim roku 2012 se stal po Františku Dvořákovi novým sportovním ředitelem Českého olympijského výboru.